Beberapa pekan setelah dia menduduki kursi presiden, nilai tukar rupiah sempat ambrol hingga mencapai level terlemahnya sepanjang sejarah, yakni di level Rp 16.800 pada 1 Juni 1998. Sentimen pasar memang sangat buruk di tengah ambruknya ekonomi negara Asia lainnya.
Paket restrukturisasi perbankan untuk membangun kembali perbankan yang sehat pada 21 Agustus 1998 cukup efektif. Lewat kebijakan ini, beberapa bank di-merger untuk menjadi bank baru yang kuat dari sisi pendanaan, salah satu hasilnya adalah Bank Mandiri. Di Indonesia, bank rush (penarikan dana besar-besaran) menerpa bank-bank sejak tahun 1997 karena nasabah khawatir dana simpanan mereka hilang, Indeks Harga Saham Gabungan (IHSG) jatuh dari level psikologis 500 ke 258 (pada 6 Oktober 1998), dan disintegrasi bangsa menyeruak. Pemerintahan Habibie juga mengambil keputusan besar untuk memisahkan Bank Indonesia (BI) dari pemerintah. Dengan pemisahan itu, BI menjelma menjadi lembaga independen dan mendapatkan lagi kepercayaan.
