Kebebasan berpikir yang ia perjuangkan justru membuatnya sebagai target dari serangan, bukan hanya dalam bentuk kritik verbal, tetapi juga ancaman fisik. Beberapa kelompok bahkan meminta agar ia dihukum mati, menganggap ide-ide liberalisme dan penolakan terhadap norma agama sebagai ancaman bagi tatanan masyarakat.
Dalam perjalanan hidupnya, Abdullah Al Qasemi menjadi sasaran pembunuhan di beberapa lokasi, tidak hanya di Mesir tetapi juga di Lebanon. Meskipun mengalami ancaman yang berkelanjutan, ia tak henti-hentinya menyebarkan ide-ide kebebasan berpikir dan kritik terhadap agama. Namun, setiap langkahnya dalam menantang pemikiran konvensional menghadapi resiko besar.
Perjuangan Abdullah Al Qasemi berakhir pada 9 Januari 1996, ketika dia diketahui mengidap kanker. Meski ia telah mengubah orientasi hidup dan pemikirannya, pengaruh yang ditinggalkannya terus terasa, tidak hanya di kalangan mereka yang sejalan dengan ide-ide liberal, tetapi juga di masyarakat yang lebih luas.
Dalam catatan sejarah, kisahnya mencerminkan pergolakan batin sebuah generasi yang berjuang antara tradisi dan modernitas. Abdullah Qasemi, dengan segala kontroversi dan perubahannya, menjadi simbol perdebatan yang tak kunjung usai mengenai iman, rasionalitas, dan kebebasan berpikir di dunia Arab.
