Debut Elkan Baggott bersama Timnas Indonesia terjadi pada November 2021, dan sejak saat itu, ia menjadi salah satu bek andalan. Perannya sangat vital di lini belakang, termasuk selama gelaran Piala AFF 2020 dan membawa Indonesia lolos ke putaran final Piala Asia 2023.
Namun, Piala Asia 2023 juga menjadi panggung terakhir Baggott memperkuat Garuda. Dalam laga babak 16 besar melawan Australia, Baggott bermain penuh namun kurang beruntung karena sempat mencetak gol bunuh diri yang membuka keunggulan lawan. Indonesia pun akhirnya kalah 0-4.
Sepanjang kariernya di Timnas, Baggott telah mencatatkan 23 penampilan dengan torehan dua gol penting. Gol pertamanya tercipta saat melawan Malaysia di Piala AFF, membantu Indonesia menang 4-1, sementara gol keduanya dicetak di Kualifikasi Piala Asia 2023 kontra Nepal dalam kemenangan besar 7-0.
