Namun, di balik pencapaian dalam pembangunan ekonomi, masa pemerintahan Soeharto juga diwarnai oleh kontroversi yang melingkupinya. Salah satunya adalah pelanggaran hak asasi manusia yang terjadi di berbagai daerah, seperti peristiwa Tragedi Tanjung Priok, Tragedi 1965, serta invasi militer di Timor Timur. Kondisi hak asasi manusia yang memprihatinkan ini membuat citra Soeharto dan rezimnya tercemar di mata masyarakat internasional. Selain itu, tuduhan tindakan korupsi yang melibatkan keluarga dan kroni-kroni rezimnya juga semakin memperburuk citra Soeharto.
Pada akhirnya, tekanan dan protes dari berbagai elemen masyarakat membuat Soeharto terpaksa mengundurkan diri pada tahun 1998, mengakhiri masa pemerintahannya yang berlangsung selama 32 tahun. Pasca kejatuhan Soeharto, berbagai kasus korupsi yang terungkap menunjukkan bahwa rezim Orde Baru di bawah kekuasaannya telah terlibat dalam praktik korupsi yang masif. Peningkatan kesejahteraan sebagian besar penduduk juga tidak diimbangi dengan pemerataan ekonomi yang adil, sehingga kesenjangan sosial yang tajam terus memperbesar disparitas di masyarakat.
