Keberadaan kapal Flying Dutchman menimbulkan berbagai spekulasi dan teori. Beberapa orang percaya bahwa kejadian-kejadian aneh di laut seperti penampakan kapal hantu atau cahaya yang bersinar di tengah badai merupakan bukti adanya kapal Flying Dutchman. Namun, para ilmuwan dan pakar maritim lebih cenderung melihat kejadian-kejadian tersebut sebagai fenomena alamiah yang dapat dijelaskan secara logis.
Beberapa penjelasan ilmiah yang diajukan untuk menjelaskan cerita-cerita tentang kapal Flying Dutchman termasuk halusinasi optik akibat kelelahan dan ketakutan, penampakan cahaya yang disebabkan oleh refleksi cahaya di atmosfer, serta fenomena cuaca ekstrem yang tidak dapat dijelaskan oleh pelaut pada masa lalu. Meskipun penjelasan ini bisa menjelaskan sebagian kejadian-kejadian aneh di laut, mereka belum dapat menghapuskan seluruh keajaiban serta kepercayaan akan keberadaan kapal Flying Dutchman.
Di tengah semua teori dan penjelasan, tetap muncul pertanyaan apakah kapal Flying Dutchman benar-benar ada atau tidak. Mungkin saja, di masa lalu, ada kapal yang benar-benar menjadi inspirasi cerita tentang Flying Dutchman. Namun, tanpa adanya bukti yang tanggap, kita tidak bisa memastikan keberadaannya.
Sampai saat ini, kapal Flying Dutchman tetap menjadi misteri yang menarik minat banyak orang. Cerita tentang kapal hantu ini menjadi inspirasi bagi banyak karya sastra dan seni, serta tetap menjadi topik diskusi dan penelitian bagi para pecinta sejarah dan misteri laut. Mungkin saja suatu saat nanti, kita akan menemukan bukti yang akurat mengenai keberadaan kapal Flying Dutchman, atau mungkin cerita ini akan tetap menjadi misteri yang tak terpecahkan.