Ketika kita membahas aspek filogenetik dari C. pecelmadiun, terlihat bahwa spesies ini memiliki hubungan dekat dengan C. petani, yang memperlihatkan jarak genetik antara 0,1 hingga 1,6%. Penemuan C. pecelmadiun ini menjadi bukti kedua untuk keberadaan grup darmandvillei yang ditemukan di pulau Jawa setelah sebelumnya ada C. petani.
Grup ini diketahui melimpah di kawasan Sunda Kecil. Secara keseluruhan, spesies Cyrtodactylus yang ada di Jawa terbagi dalam dua kelompok besar: grup darmandvillei dan grup marmoratus, yang masing-masing membentuk kompleks spesies tersendiri. Keberadaan beberapa kelompok ini semakin mendorong penelitian lebih lanjut untuk menggali keragaman tersembunyi dari Cyrtodactylus di pulau Jawa.
Dalam konteks keanekaragaman hayati, temuan spesies baru ini juga memberikan gambaran penting tentang tantangan yang dihadapi dalam penelitian dan konservasi. Upaya untuk memahami keragaman spesies dan ekosistem yang ada sangat penting, terutama dalam menghadapi perubahan iklim dan dampak aktivitas manusia yang semakin besar. Penemuan C. pecelmadiun dapat menjadi langkah awal untuk meningkatkan kesadaran akan perlunya melestarikan spesies-spesies lokal yang unik dan berharga ini.
