Pada babak kedua, tensi pertandingan tetap tinggi dengan kedua tim saling menyerang. Pada menit ke-70, Indonesia kembali mendapatkan gol melalui tendangan kaki kiri Marselino Ferdinan setelah menerima umpan dari Witan. Meskipun demikian, Yordania tidak menyerah begitu saja. Pada menit ke-78, tembakan dari Waseem Wasef Alriyalat membentur kaki Justin HUbner dan membuat kiper Ernando Ari salah langkah, mengakibatkan gol bunuh diri. Namun, keunggulan Indonesia terjaga dengan skor 3-1.
Indonesia tidak menyerah dan kembali mencetak gol melalui sundulan Komang Teguh setelah mendapatkan umpan lemparan dari Pratama Arhan pada menit ke-86, menjadikan skor berubah menjadi 4-1 untuk keunggulan Indonesia. Skor tersebut bertahan hingga peluit tanda pertandingan berakhir terdengar.
Kemenangan ini membawa tim asuhan Shin Tae-yong berada di posisi kedua Grup A dan berhasil lolos ke fase perempatfinal. Sebab, pada saat bersamaan, Qatar menghadapi Australia dan berakhir dengan skor akhir 0-0. Qatar berada di puncak klasemen dengan 7 poin, sedangkan Indonesia berhasil mengumpulkan 6 poin.
